Varför indexerar Google huvuddomänen?

Jag har ett konto hos Godaddy som gör att varje sida kan få ligga direkt under eget domännamn. Det finns dock en huvuddomän som liksom hela hostingen baserades på en gång i tiden när kontot öppnades.

För några veckor sen la jag till kanske 20 sidor till en av mina sajter. Nu ser jag till min förskräckelse att Google indexerat huvuddomänen med underkatalog istället för domänen som pekar mot den katalogen!
Alltså:
www.huvuddomänen.com/mindresajten/nysida.htm
istället för:
www.mindresajten.com/nysida.htm

Jag la in en .htaccess som sade:

"Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteBase /
Redirect 301 /mindresajten http://www.mindresajten.com"

och nu är även mindresajten.com indexerad av Google men det är fortfarande huvuddomänen som dyker upp när man söker på vissa sökord.

Kommer detta att repa sig? Hur lång tid tar det?
Varför hände det och kan jag göra något mer?
Jag vill gärna permanent ha bort huvuddomänen från Google i det sammanhanget då jag inte vill att de två sidorna ska associeras med varandra. Detta eftersom huvuddomänen är mitt företag.

Använd robots.txt och sätt disallow på allt du vill ska bort. Ett annat snabbt sätt att få bort sidor ur index (jag upptäckte det den mindre angenäma vägen) är att lägga till sidan i Google webmaster tools och lägga till en sitemap.xml som inte innehåller de sidor du vill ska försvinna.

Svaret på dina frågor är att ja det kommer att repa sig, ge det 1-2 veckor, eller använd dig av förslagen ovan för att snabba på det.