Strukturera upp en sajt med bloggar

Jag har en sajt med följande struktur:

hemsida.se (windows server)
- blogg1.hemsida.se (unix server)
- blogg2.hemsida.se (unix server)

Eftersom den här strukturen inte är speciellt bra ur ett SEO-perspektiv kommer jag nu ändra upplägget till följande:

hemsida.se (unix server)
hemsida.se/blogg1

Det bästa vore om bloggen inte ens låg i en undermapp så att URLn blir hemsida.se/blogginläggtitel istället för hemsida.se/blogg/blogginläggtitel

Hur gör jag detta? Jag menar, om jag installerar en blogg (wordpress) är huvudsidan i bloggen index.php som även huvudsidan på hemsida.se behöverar vara. Startsidan för hemsidan och bloggen behöver alltså vara två olika filer. Går det att lösa på ett bra sätt? Alltså att blogg och huvudsidan ligger i samma root, någon som har ett tips eller har en bra lösning där?

Det bästa kanske är att köra en egen mapp för bloggen och köra mod_rewrite i .htaccess så att URL'erna blir bättre men sajten i sig ligger strukturerad i rätt mapp.