Svaret är nja. Beror på syftet med subdomänen och hur man väljer att länka.
Många säger att subdomäner tolkas som egna webbplatser. Vilket är sant i många fall.
Men gör man en sökning på Jajja Communications så ser man att vår blogg, vårt magazine och seotestet ligger som sitelinks till vår
www.jajja.com trots att de är separata subdomäner. Troligen för att vi länkar mellan dem så mycket att det är tydligt att de tillhör samma webbplats.
SEO-mässigt så får man hantera det som ett större block men ändå som en del av samma webbplats och det innebär att länkningen inte direkt kan ses som korslänkning utan mer internlänkning. Vilket innebär att mer titta på var relevansen tar vägen, exempel: om en sida på www ska vara synlig för ett visst sökord så bör man internlänka från övriga subdomäner mot denna sida ifall man berör ämnet för att undvika att relevansen splittras.
Vill man istället ha två webbplatser att plocka placeringar med och vill använda subdomäner skulle jag låta bli att länka mellan dem öht. Ingen garanti att det lyckas då Google även kan använda loggor och text för att utvärdera om subdomänerna hör ihop eller inte. Så vill man garanterat ha två webbplatser så är det två domäner som gäller.